此段时期，中日战争成为所有中国人民心口上的一道深深伤疤，也是艺术学院的师生们没有避过的巨大灾难。为避战火，他们把书籍装箱，画纸卷起，笔墨收好，随学校各处迁徙，在颠沛流离中苦熬了八年，最终等来了日本的投降。
残酷的战争使艺术队伍里损失过一些大将，如与李超士同岁的上海画家陈抱一，就病逝于战争结束的当年，没有听到日本天皇裕仁宣读的投降诏书。李超士是活过来了，可是他的健康在很大程度上已被毁坏，太多早年的素描、油画与色粉画亦在战争中散失。战后他与同学们一起回到了久别的西子湖畔，照常开学，照常上课，可惜，受损的身体明显成了他未尽事业的绊脚石。新中国成立后，政府曾一度想请他出面担任艺专的领导职务，仅仅是因为身体不能胜任，他只能婉拒了。
这里，出来一个不易觉察的伏笔：那林风眠校长去了哪里呢？
原来那一段时期，对林风眠也颇为动荡。因他长期以来在艺术观念上的勇于尝试，他的太多想法不被理解，也受冷落。更因人事纷争，所以他一会儿隐居画画，一会儿出山授课；一会儿辞去职务，一会儿又返聘回学校。在1952年学校改为中央美院华东分院后——这所美院原本与杭州艺专在艺术观念与美学思想上甚有距离，他终于彻底辞职，回家潜心研究绘画，与自己创办的学校从此告了别。
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